Source de reconnaissance pour tous les participants, le label Eco-Ecole est attribué sur la base du projet mené pendant l’année scolaire, sur la thématique choisie. La demande de labellisation est accessible uniquement aux établissements scolaires inscrits au programme ; cette demande n’est pas obligatoire. Néanmoins, cela permet d’avoir un retour et des commentaires sur le projet mis en œuvre pour s’améliorer année après année. Les établissements labellisés reçoivent également un drapeau millésimé et un diplôme.